Nel 1842 il re Carlo Alberto emana i nuovi ordinamenti per l’Università di Cagliari. Le Facoltà sono cinque: Teologia; Leggi; Filosofia e Belle Arti (divisa in classe di Filosofia e classe di Belle Arti); Medicina; Chirurgia. È reintrodotto il rettore, che va ad affiancare il Magistrato sopra gli Studi, ma poco dopo, a causa della “perfetta fusione” con gli Stati di terraferma (1847), l’Ateneo viene uniformato alle altre università del Regno, e il Magistrato è abolito: al vertice rimane il rettore e si istituisce il Consiglio universitario.

A seguito della legge sulla Pubblica istruzione del 1857 che abolisce, tra gli altri, le cariche di rettore e i Consigli universitari, il re sceglie personalmente un rettore al quale affidare la parte amministrativa e disciplinare, mentre le questioni accademiche sono delegate ai Consigli delle Facoltà. La scelta del sovrano cade su Giovanni Spano, che sarà rettore fino al 1868, quando si dimetterà. 

Con la legge Casati (1859) le università del Regno di Sardegna sono ridotte a quattro: Torino, Pavia, Genova e Cagliari, affiancate dall’Accademia Scientifica-Letteraria di Milano e dall’Istituto Superiore di Chambéry. In questo momento, le Facoltà cagliaritane sono Teologia, Giurisprudenza, Medicina e Chirurgia, Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali, Filosofia e Lettere. 

Sono anni di grandi cambiamenti sia per le discipline impartite che per i titoli rilasciati. La Facoltà di Filosofia e Lettere, dal 1860, non rilascia più i gradi accademici, ma solo il diploma di professore di Grammatica; quella di Scienze Fisiche e Matematiche, nei cui piani di studio sono inquadrati anche i corsi per Ingegneri Civili, non rilascia più titoli professionali abilitanti.