La fabbrica settecentesca non si conclude con l’edificazione completa dell’Università degli Studi e dell’annesso Seminario Tridentino. Durante i restauri successivi all’inaugurazione, i progettisti rilevarono delle lesioni nella struttura, dovute alla natura incoerente del terreno e al mancato completamento delle logge sul fronte verso il Bastione del Balice. Proprio le precarie condizioni dell’edificio e le modalità per farvi fronte caratterizzano le vicende ottocentesche del palazzo dell’Università.
Nonostante gli evidenti pericoli, è necessario attendere la metà del secolo per programmare interventi risolutivi. Alcune tra le fotografie più antiche di Cagliari, scattate tra il 1854 e il 1870, testimoniano la realizzazione del piano elevato sul Balice e l’incompiutezza dei fronti esterni del Seminario.
All’interno dell’edificio fervono gli allestimenti dei Musei di Storia Naturale e di Antichità, inaugurati con una fastosa cerimonia il 31 luglio 1859 insieme al busto del generale Alberto Ferrero Della Marmora. Appena tre anni dopo, si provvede ad ampliare le sale, sotto la supervisione degli ingegneri Francesco Immeroni e Lodovico Bonino, funzionari in capo del Genio Civile; opere appaltate all’imprenditore Giovanni Collu. L’articolato piano dei lavori comprende la citata costruzione del piano alto rivolto al Balice, su progetto dell’ingegnere Ottavio Boerio in coordinamento con il superiore, Domenico Carlo Ferrettini.
Nonostante le ingenti opere, gli spazi all’interno dell’Università si rivelano insufficienti; la riforma degli Studi superiori obbliga le autorità e gli uffici tecnici preposti a elaborare adeguate soluzioni. Nel 1884, in decenni di crescente anticlericalismo, la Prefettura propone di distogliere le risorse destinate al Museo di Antichità per ampliare il palazzo universitario, a discapito, se necessario, dell’adiacente Seminario. L’ipotesi non trova applicazione: l’istituto ecclesiastico conserverà la sede fino alla metà del Novecento.
D’altra parte, i suggerimenti della Prefettura giungono nel momento in cui un più maturo programma d’interventi ha già preso corpo. Nel 1873, infatti, sulla terrazza del Balice, vede luce il primo padiglione esterno all’Università, destinato ad accogliere i corsi di Anatomia, Chimica e Fisiologia. La soluzione risponde alla pressante esigenza di spazi, tanto da essere riproposta negli anni seguenti: tra il 1883 ed il 1894, il Balice è occupato da nuovi padiglioni, secondo il progetto degli ingegneri del Genio Civile Carlo Pizzagalli, Giovanni Manca di Villahermosa e Gaetano Vodret. Un complesso sistema di edifici satura provvisoriamente la terrazza dell’antico baluardo. Le immagini d’epoca illustrano la progressiva comparsa e la sopraelevazione di questi corpi, demoliti negli anni 30 del Novecento.
