L’Ottocento, oltre alle molteplici riforme dell’Istruzione Pubblica, vide il fiorire di numerosi stabilimenti e laboratori universitari.

Un esempio su tutti è rappresentato dall’Orto Botanico, iniziativa già avviata nel 1760 con l’intento di rispondere alle esigenze di ricerca e sperimentazione della Facoltà di Medicina. Nel 1820 fu individuato dal Professore di Materia medica il terreno nella zona Palabanda, ma bisognò aspettare il 15 novembre 1866 per la sua inaugurazione, sotto la direzione di Patrizio Gennari.

Il Regio Decreto del 20 novembre 1859 suddivise il Museo di Antichità da quello di Storia naturale, mentre il successivo decreto del 28 agosto 1864 sancì l’ulteriore suddivisione di quest’ultimo nel Gabinetto di Zoologia e nel Gabinetto di Mineralogia e Geologia.

Con la definitiva suddivisione del ramo di Filosofia e Lettere da Scienze fisiche, si svilupparono notevolmente gli studi matematici, fisici e chimici grazie anche al potenziamento del Laboratorio di Chimica e del Gabinetto di Fisica.
Il primo era entrato in funzione nel 1822 nei locali dell’antica Zecca accanto alla Torre di San Pancrazio. Nel 1836 si spostò dapprima nell’Università e quindi in una casa “fuori porta”, dove rimase dal 1843 fino al 1868. Infine, nel 1873 fu traslocato nei locali del Balice appositamente ristrutturati.
Il laboratorio di Fisica, già in dotazione all’Università all’atto della rifondazione nel 1764, nel corso dell’Ottocento subì diversi spostamenti fino al suo trasferimento, nel 1852, presso il liceo di Santa Teresa. Nel 1863, il Rettore Spano sollecitò il Ministro per la restituzione, che avvenne l’anno successivo.