Durante la seconda guerra mondiale, nei sotterranei dell’ospedale vennero allestiti dei ricoveri di fortuna in previsione dei bombardamenti. Grazie alla sapiente maestria dei minatori del Sulcis-Iglesiente in poco tempo vennero realizzate le gallerie destinate ad ospitare gli ammalati. Tuttavia le gallerie furono utilizzate anche da civili non ospedalizzati, poiché in città scarseggiavano i rifugi anti-aerei.
I bombardamenti del 1943 non risparmiarono l’ospedale: un ordigno devastò la parte superiore e la facciata dell’edificio.